Selepas mengambil bahagian dalam majlis perasmian itu, Conan, Agasa, Ran, dan Detektif Muda sedang menikmati pemandangan di Bell Tree Tower (Tokyo Sky Tree). Tiba-tiba, peluru memecah melalui tingkap dan terkena pada orang itu dan menyebabkan semua orang panik. Conan tetap tenang dan menggunakan fungsi zum pada cermin matanya untuk pengesanan untuk mengikuti jalan peluru kepada sumbernya. Selain itu, Conan pengintip bayangan hitam. "Tetapi seorang penembak misteri yang hebat dan boleh tembak begitu jauh yang amat mustahil, ia tidak boleh - " Conan dan Masumi Sera meneruskan sniper melarikan diri pada motosikal Masumi , tetapi mengejar mengambil giliran ganas apabila suspek cuba meletupkan kereta peronda polis. Malah FBI terlibat dalam mengejar, tetapi punca dan misteri sniping yang akhirnya lenyap ke dalam laut.

Siasatan itu hadir sambungan ke khas Tentera Laut Amerika Syarikat skuadron , Tentera Laut SEAL dan lain-lain bekas pegawai tentera AS yang bekerja di Jepun. Walau bagaimanapun, sniping pertama hanya permulaan ; memandangkan ramai yang ditembak, rakyat Tokyo panik! Apa yang di maksudkan dengan kes senapang dan dadu ketinggalan? Sebagai penyiasatannya berlangsung, Conan tidak lama lagi mendapati dirinya dalam rerambut silang yang sniper , hanya untuk disimpan oleh Masumi yang campur tangan dan mengambil peluru bagi pihaknya. Dan, di latar belakang, Subaru Okiya mula membuat langkah beliau ...